Les militaires ayant été chargés des tâches administratives classiques (recensement, approvisionnement, santé, imposition, etc.) au fur et à mesure de leur avancée, c’est sur le découpage et le contrôle des territoires militaires issus de la conquête de l’Algérie que se calqua la structure administrative du Sahara algérien. Les régions sahariennes du Soudan occidental héritèrent de l’organisation mise en place à la suite des avancées de la France (Faidherbe, Archinard, Trentinian) dans les vallées du Sénégal et du Niger (seconde moitié du XIXème siècle).
Au Sahara algérien, l’administration fut l’affaire du Bureau des affaires indigènes (ministère de l’Intérieur, police), et dans les autres territoires du ministère des Colonies sous l’autorité du gouverneur général de l’Afrique occidentale française (AOF-Dakar) et de celui de l’Afrique équatoriale française-Brazzaville). Les protectorats du Maroc et de la Tunisie dépendaient du ministère des Affaires étrangères.
En 1901, le Sahara algérien fut divisé entre le territoire d’Ain-Sefra jusqu’au Touat, celui de Ghardaïa et celui des Oasis (Ouargla, Ajjer). Par la loi du 24 décembre 1902, il fut réorganisé en quatre territoires militaires : Ain-Sefra (chef-lieu Colomb-Béchar), Ghardaïa (chef-lieu Laghouat), Touggourt (chef-lieu Touggourt) et les oasis (chef-lieu Ouargla). Chaque territoire avait à sa tête un commandant militaire ayant des prérogatives de sous-préfet et dépendant directement du gouvernement général à Alger. Ce dernier était secondé par une inspection des territoires du Sud. Jusqu’en 1958, ces territoires étaient divisés en «annexes», et ces dernières en communes, mixtes ou indigènes. Les premières élisaient des assemblées (djemaa) chargées des affaires locales.
A partir de 1902, Laperrine chercha à inclure le Hoggar et l’Ajjer à l’annexe du Tidikelt (Reggane et In-Salah), avant qu’ils ne soient érigés eux-mêmes en annexes. Dans les territoires sahariens méridionaux dépendant de l’AOF (Soudan, Niger, Mauritanie) et de l’AEF (Tchad), c’est l’organisation en «cercles», comme dans le reste des territoires, qui fut appliquée (Trarza, Brakna, Tidjikdja, Néma pour la Mauritanie; Tombouctou, Gao pour le Mali ; Tahoua, Agadès, Bilma pour le Niger après sa création; Borkou-Ennedi-Tibesti pour le Tchad).
Source : «Le Sahara», Bernard Nantet
Source: L’Inter de Bamako