L’analyse des génomes du Covid-19 aurait révélé une origine double du virus. On ignore encore si cette recombinaison s’est faite chez un pangolin ou une chauve-souris, ni dans quelles conditions elle a eu lieu.
Les scientifiques ont fait l’analyse du génome du SARS-CoV-2 pour rechercher son origine
La chauve-souris serait bien un réservoir de ce virus
Pangolin, chauve-souris, serpent… Si tous les scientifiques s’accordent à dire que le Covid-19 nous a été transmis par un animal, la nature même de ce dernier reste incertaine. La situation serait d’autant plus complexe que l’analyse des génomes aurait révélé une origine double du virus, expliquait l’universitaire Alexandre Hassanin (maître de conférences à la Sorbonne et chercheur au Muséum d’histoire naturelle), le 17 mars dans The Conversation.
D’après l’OMS, la Chine aurait commencé à lui signaler des cas de coronavirus le 31 décembre 2019. Toutefois, l’apparition des symptômes pour les malades aurait débuté le 8 décembre. Si la majorité des premiers infectés avaient pour point commun de fréquenter le marché de gros aux poissons de Huanan, situé dans la ville de Wuhan, à 850 kms à l’ouest de Shanghai, il a finalement été démontré que le tout premier cas humain de Covid-19 ne s’était jamais rendu dans cet établissement. Qui plus est, les datations moléculaires estimées à partir de séquences génomiques du SARS-CoV-2 désignent plutôt une origine en novembre.
Le génome du virus a rapidement été séquencé par les chercheurs chinois. C’est une molécule d’ARN d’environ 30 000 bases contenant 15 gènes. D’après des analyses de génomique comparative, ce virus appartient au groupe des Betacoronavirus et ressemble beaucoup au SRAS-CoV qui avait entraîné une pneumonie aiguë en novembre 2002 dans la province chinoise de Guangdong. Celle-ci s’était ensuite répandue dans 29 pays, notamment en France. En tout, 8 098 personnes avaient été infectées et 774 en était mortes. A l’époque, l’OMS avait lancé une alerte mondiale encourageant fortement l’isolement et la mise en quarantaine des personnes touchées pour stopper l’épidémie.
Qu’est-ce qu’un réservoir ?
A postériori, les scientifiques ont compris que des chauves-souris du genre Rhinolophus étaient à l’origine du virus et que la civette palmiste, un petit carnivore largement vendu dans les marchés et consommé par de nombreux chinois, avait sans doute servis d’hôte intermédiaire entre les chauves-souris et les premiers cas humains.
Depuis, nombreux Betacoronavirus ont été découverts, chez les chauves-souris mais aussi chez les hommes. Récemment, le virus RaTG13, isolé à partir d’une chauve-souris de l’espèce Rhinolophus affinis qui vient de la province chinoise du Yunana, a été décrit comme similaire à 96% du SARS-CoV2. Ainsi, les chauves-souris, seraient un réservoir des virus SARS-CoV et SARS-CoV-2.
Pour l’auteur de ce papier, un réservoir se définit par “une ou plusieurs espèces animales, peu ou pas sensibles au virus, qui vont naturellement héberger un ou plusieurs virus. L’absence de symptôme de la maladie s’explique par l’efficacité de leur système immunitaire qui leur permet de lutter contre une trop grande prolifération virale”.
Une recombinaison entre deux virus différents
Toutefois, début février, des scientifiques ont révélé qu’un virus encore plus proche (99%) du SARS-CoV-2 avait été identifié chez le pangolin. Pourtant, d’après une étude encore plus récente, actuellement en cours d’expertise, la situation serait plus complexe que cela. Selon ces nouvelles recherches, le génome du coronavirus isolé chez le pangolin malais ne serait en réalité similaire qu’à 90% du SARS-Cov-2. Il ne serait donc pas responsable de l’épidémie actuelle.
Dans le détail, le virus isolé chez le pangolin représente 99% d’identité avec le SARS-CoV-2 “si l’on compare les 74 acides aminés d’une région particulière de la protéine S, le domaine de liaison au récepteur ACE2 (Angiotensin Converting Enzyme 2) qui permet au virus d’entrer dans les cellules humaines pour les infecter”, explique Alexandre Hassanin.
Ainsi, le coronavirus isolé chez le pangolin peut entrer dans les cellules humaines, contrairement à celui isolé chez la chauve-souris. Le virus SARS-CoV-2 est donc issu d’une recombinaison entre deux virus différents: l’un proche de celui de la chauve-souris et l’autre du pangolin. Pour qu’une recombinaison se produise, les deux virus divergents doivent avoir infecté le même organisme de façon concomitante. C’est déjà par le biais de ce mécanisme de recombinaison qu’était apparu le SARS-Cov. L’auteur du papier de conclut : “Deux questions restent en suspens : dans quel organisme a eu lieu cette recombinaison ? (une chauve-souris, un pangolin ou une autre espèce ?) Et surtout dans quelles conditions a eu lieu cette recombinaison ?”
Si Alexandre Hassanin se réfère à la maladie comme au SARS-CoV-2, l’OMS refuse d’utiliser ce nom afin de ne pas lier Covid-19 et le SARS. Elle préfère donc évoquer “le virus responsable de la maladie ‘Covid-19’”. Actuellement, plus de 318 000 cas sont déclarés dans le monde (13 600 morts à échelle planétaire). En France, plus de 16 000 cas sont confirmés. La maladie a tué 674 personnes, dont un médecin.
Qu’est-ce qu’un coronavirus ?
Le Covid-19, Très contagieux, les coronavirus se répandent rapidement avec des risques de mortalité élevés pour certaines personnes. Mutation, symptômes pulmonaires, incubation, transmission
Définition : qu’est-ce qu’un coronavirus ?
Les coronavirus forment une famille de virus variés qui peut infecter aussi bien l’homme que l’animal. Leur nom signifie “virus en couronne” et vient du fait qu’ils possèdent tous un aspect en forme de couronne lorsqu’ils sont observés au microscope. Les coronavirus ont été identifiés pour la première fois chez l’humain dans les années 1960. Il s’agit de virus causant des maladies émergentes, c’est-à-dire des infections nouvelles dues à des modifications ou à des mutations du virus. Les coronavirus humains causent principalement des infections respiratoires, allant du rhume sans gravité à des pneumopathies sévères parfois létales. Ils peuvent aussi s’accompagner de troubles digestifs tels que des gastro-entérites.
Temps d’incubation
Le temps d’incubation, durée entre l’exposition au virus et à la manifestation des premiers symptômes, est évalué entre 3 et 5 jours dans la majorité des cas, mais peut durer dans des cas extrêmes de 12 et 14 jours
Comment éviter d’être contaminé
En pianotant aux guichets automatiques des banques ou des stations de métro, on peut potentiellement transmettre le coronavirus. Voilà ce qu’il faut faire pour se protéger.
Selon Anne Casetta, responsable de l’unité d’hygiène de l’hôpital Cochin à Paris, on trouve sur ces écrans « de la sueur, du sébum, des poils ou encore des squames ». LP/Olivier Corsan
On les connaît nids à bactéries, comme plusieurs études l’ont déjà prouvé. Les écrans tactiles en libre-service peuvent-ils être également porteurs du Covid-19? Est-il possible d’être contaminé par le coronavirus lorsqu’on achète un ticket ou que l’on renouvelle sa carte Navigo dans une station de métro, quand on retire de l’argent au guichet automatique d’une banque, au moment de payer ses courses dans un supermarché?
Omniprésents dans notre vie quotidienne, ces écrans qui ont remplacé serveurs et agents de caisse sont effectivement potentiellement contaminants. « Le Covid-19 est ce qu’on appelle un virus enveloppé qui ne va pas survire longtemps sur la surface d’un objet, quelques heures dans le cas de ce coronavirus, explique le Dr Anne Casetta, médecin responsable de l’unité d’hygiène de l’hôpital Cochin à Paris (XIVe arrondissement) et spécialiste des infections nosocomiales. Cela signifie qu’il est possible, même si la probabilité est faible, d’être infecté en utilisant ce type d’écran tactile à la suite d’une personne positive y ayant mis ses doigts après s’être mouchée. »
Les bons gestes pour faire ses courses sans prendre de risque
Le premier réflexe serait d’enfiler des gants pour manipuler un écran. Au-delà du souci de voir la surface tactile ne pas réagir (la plupart des écrans ne répondent qu’au contact de la peau), la technique est contre-productive. « Il ne faut pas en utiliser car le risque d’être contaminé sur les mains est encore plus grand quand on les retire », poursuit Anne Casetta.
La meilleure protection : se laver les mains
On serait également tenté de nettoyer l’écran avant d’y poser le moindre index. A l’aide d’une lingette désinfectante par exemple ou, mieux, d’un produit à base d’isopropanol conseillé pour le nettoyage d’appareils multimédia, claviers, souris mais aussi écrans d’ordinateurs et de smartphones. Mauvaise idée encore une fois. « Ces écrans ont des surfaces bien trop chargées en salissures diverses, de la sueur, du sébum, des poils ou encore des squames qui inhibent fortement l’efficacité du produit désinfectant de ces lingettes, précise Anne Casetta. On se sent alors protégé alors qu’on ne l’est pas. »
La meilleure protection reste celle qui consiste à adopter les règles simples d’hygiène conseillées par les autorités. Se laver les mains après utilisation… et le plus souvent possible. Avec du savon et de l’eau et, à défaut, avec du gel hydroalcoolique.
« Il faut le faire après avoir touché ce genre d’écran comme on le fera après avoir pris les transports en commun quand on s’est tenu à une barre de maintien dans le métro ou le bus. »
Autre conseil permettant d’éviter la contamination : ne pas se toucher le visage. « On le fait de manière réflexe, sans forcément s’en rendre compte, au moins à deux reprises par heure, précise Anne Casetta. C’est l’un des moyens les plus courants d’infection. »
Boubacar Sankaré
