Les chercheurs de cette structure ont conclu dans leurs hypothèses que ce variant est proche de celui observé en Italie. Mais il n’a jamais été vu ailleurs dans le monde, en tout cas jusqu’à la date du 6 septembre dernier
La recherche est un langage scientifique. Son universalité est prouvée aussi par l’existence d’une institution de recherche de qualité dans notre pays comme le Laboratoire de biologie moléculaire appliquée (LBMA). Il est programmé pour réaliser des merveilles en suivant, sans dévier, une trajectoire d’exemplarité.Les mains utiles du LBMA, une structure qui roule et amasse mousse, viennent de séquencer le variant génétiquement proche du lignage B.1.525 (variant ETA), selon l’expression consacrée par les chercheurs. Il serait associé à la dernière vague de contamination de notre pays à l’épidémie de coronavirus (Covid-19) entre février et mai 2021.
L’épidémie de Covid-19 a été déclarée urgence sanitaire mondiale par l’Organisation mondiale de la santé (OMS) le 30 janvier 2020. Depuis, le virus de ce démon planétaire a évolué. Plusieurs mutants (changements) ont été identifiés à travers le monde. Il est admis et partagé par les scientifiques que le variant delta, originaire d’Inde, a largement remplacé les autres souches du virus de la pandémie circulant dans plusieurs pays. Mais d’autres variants avaient été découverts en Angleterre, telle la mutation N501Y dont la principale caractéristique est le changement d’acide aminé à la position 501 sur le gène spike du SARS-CoV-2.Les chercheurs du LBMA ont confirmé dans leurs hypothèses que l’impact de ces changements serait lié à une charge virale plus élevée avec une plus grande capacité de transmission.
Les trois pics (vagues) d’infection de notre pays ont été recensés entre mars 2020 et mai 2021, après que nous ayons enregistré les deux premiers cas de la maladie chez nous le 25 mars 2020. La première vague a été observée dès l’introduction du SARS-CoV-2 (virus de la maladie à coronavirus 19) de mars 2020 à juillet 2020. Elle a été suivie de la deuxième qui s’est produite entre novembre 2020 et janvier 2021. La troisième vague a été plus dense entre février 2021 et mai 2021.
Mais l’excellent travail scientifique du LBMA est parti du suivi d’un patient lambda de 65 ans. Chez cet adulte malien, il a été identifié une souche de SARS-CoV-2, associée à une charge virale indiquée par la valeur de Ct (seuil de détection) égale à 10 (une valeur très petite comparée aux valeurs habituelles), le 16 avril dernier. Ce constant a ouvert l’appétit des chercheurs du LBMA, avant de les pousser à séquencer la totalité du gène S. Ce spicule se lie aux récepteurs humains des virus SARS-CoV-2 au niveau du tractus nasopharyngé. Ce séquençage effectué a permis de déceler plusieurs types de mutations, deux d’entre elles appartiennent au variant Alpha (lignée B.1.1.7, variant britannique) et huit autres au variant Eta (lignée B.1.525, variant retrouvé au Nigeria et en Italie). Le LBMA a déposé la séquence de ce variant au niveau de GenBank avec le numéro d’accession MZ798310.2 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MZ798310.2 ).
Le Pr Ousmane Koïta et sa jeune garde de chercheurs ont observé des différences qui créent une distance génétique entre le variant Eta et celui observé au Mali. Il s’agit de trois mutations qui sont aux positions 228, 451 et 1172 au niveau du gène spike (une terminologie propre aux scientifiques qui savent de quoi ça retourne). Il apparaît qu’une mutation (451) a été vue sur la souche malienne qui n’avait pas été vue ailleurs à la date du 6 septembre 2021.
La troisième vague observée a été plus dense entre février 2021 et mai 2021 avec un pic très élevé. La séquence de ce variant a été obtenue au cours de cette vague. Ces mutations sont associées à une charge virale élevée, mais avec des symptômes qui n’ont pas nécessité une hospitalisation.
Le Pr Ousmane Koïta dont l’esprit d’équipe est irréprochable restitue à César ce qui lui appartient. Sinon, il aurait pu faire comme d’autres, qui se seraient précipités à valoriser leur égo et laisser le panégyrique de leur personnage se faire entendre plus fort. Mais il explique clairement et sans ambages que le séquençage a été fait par Ibrahim Keïta, un doctorant qui maîtrise l’outil de séquençage. L’analyse pour la soumission à GenBank a été accomplie par Dr Youssouf Diarra (tous deux ses assistants qui continuent d’administrer la preuve de leur qualité par les résultats). Le brillant esprit cartésien indique que Lassana Doumbia responsable de l’unité zoonoses a apporté une contribution de qualité tout comme Dr Garan Dabo, infectiologue à l’Hôpital du Mali, qui a assuré le suivi des patients.
Rappelons que la valeur Ct est le nombre de cycles PCR auquel la fluorescence générée franchit un seuil de signal de fluorescence. La valeur de Ct est une indication de la charge virale. Plus la valeur Ct est faible, plus la charge virale est importante. Le LBMA pense que les tests de Covid-19 positifs fournis par les structures de diagnostic Covid-19 doivent être accompagnées par la valeur de Ct. Cela sous-entend qu’autant la charge virale est élevée, autant le patient est capable de contaminer à large échelle. Et cette forte transmissibilité est associée aux variants jusqu’à présent observés, y compris celui détecté par le LBMA.In fine, cette étude du LBMA suggère que le variant observé était très contagieux et donc fortement transmissible.
Le Pr Koïta et son équipe conseillent aux praticiens d’examiner la valeur de Ct. Toute valeur de Ct, inférieure à 15 doit conduire au confinement strict du patient avec un suivi périodique de scanner des poumons.
La recherche est un impératif de développement. Certains partenaires perçoivent cet intérêt. C’est ainsi que cette étude a bénéficié d’un soutien financier dans le cadre de la coopération décentralisée Bordeaux-Bamako.
Bréhima DOUMBIA
Source : L’ESSOR
