Fanta Siby est détentrice d’un Doctorat en médecine, d’une maitrise en Santé publique et de plusieurs certificats (certificat en épidémiologie ; le certificat sur les Maladies Tropicales Négligées à l’Institut d’Immunologie et d’Informatique de Rhodes Island aux Etats-Unis ;  Certificat sur la Responsabilité Médicale à Abidjan ; Certificat du Cours international sur le droit en santé reproductive à Beijing (République populaire de Chine) ; Certificat du Cours sur le coût et financement des services de santé à Rabat au Maroc, Certificat sur recours à la contractualisation par les ONGs/Association et le Ministère de la Santé à Dakar ; Certificat sur la stratégie avancée en SMI/PF en Haïti.